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1901年岁末，乐达仁结束了在欧洲的四年游历生活，从德国回到北京。这时候，《辛丑条约》已经签署，八国联军已经撤兵，京城秩序开始恢复，避难到太原的老祖母，也率全家回到了北京。战乱后的京城，到处是断垣残壁和露宿街头的难民，令人惨不忍睹。大栏栅同仁堂药铺，店门前庭毁于兵燹，乐家在打磨厂新开路的住宅，医书、家具损毁殆尽。留守在京的同仁堂药铺查柜刘辅庭，给乐达仁详详细细地介绍了八国联军烧杀劫掠的一桩桩罪行。刘辅庭是个见证人，他有两册题名为《众难奇闻》的日记，记录了庚子之乱的全过程，其中包括德国军队强行进驻乐家，和美国士兵撞进乐家及同仁堂抢药酒、抢衣物、逢人搜身、逐屋搜寻的强盗行为。简直是奇耻大辱，乐达仁义愤填膺，心情久久难以平静。
老祖母许氏回到北京以后，对铺务和家事大刀闊斧进行整顿。乐达仁也一改出国之前的生活，戏不听了，八角鼓不唱了，花鸟鱼虫不玩了，游宴酬酢全免了，他决定到柜上和药房当个学徒工。
老北京的中药铺，一般都在春节之后进几名有荐举人、有铺保的徒工。徒工进号第一年只干零活、搞卫生、搭拆门板和铺板，第二年才开始学点业务和技术，第三年学成之后，能够独立操作，等到期满，才算出徒。同仁堂则不然，同仁堂历来不用徒工。乐达仁的祖父乐平泉生前给同仁堂立下四条规矩，即不用徒弟，只请“先生”；自东自掌，不聘代理人；一切重要工作不假手外人，从购买药材到称药、配药，必须自家人经手，甚至包金裹药也必须是自家女眷；乐家子弟只许干药业，干其他行业如开当铺、饭馆等一概不允。这四条规矩已经订立多年，乐家子弟从小就都知道自己将来干什么，但是打算从徒工干起的，乐达仁还是第一人。
乐达仁来到药房，先学习认药和挑拣，接着又学习了药材炒炙、打粉、和坨和制丸。药房的“先生”叫裘绪斋，是后来成为一代名净的京剧表演艺术家裘盛戎之伯父。裘绪斋人很和善，是中药制药方面技术最好、最有权威的一位青年药工。裘绪斋见七少爷每天起早贪黑跟工人一起干活儿，学技术又那么谦虚，那么认真，打心眼儿里就高兴，因此对乐达仁提出的各种技术问题，都详尽地给予解答。中药炮制技术，是千百年来一代代药工的经验总结，其中许多内容，如炒炙的火候，药料的成色，历来很少见诸文字记载，而且有些也难以用文字来表述。如果没有直观演示，或是师傅只知其然而不知其所以然，那么徒弟懵懵懂懂，即便出徒，终生也难以成器。乐达仁在药房学习了一年，由于有名师指点，加之自己又有医书底子，所以进步十分明显。
转年，乐达仁又到前柜学卖药，学算方和开票，到后柜斗房跟“先生”学习撢斗子、装斗子，到参茸柜学习参茸细料的鉴别、保存和经营，到刀房跟南刀师傅和北刀师傅学习切药、打水丸。至此，乐达仁对中药生产和经营的全过程，以及技术、业务上的关键环节，已经了然于胸。
老祖母见乐达仁好学上进，不辞辛苦，是个好苗子，于是从第三年起，叫乐达仁跟着她每天“上会”。所谓“上会”，就是同仁堂东家每天到柜上和药房巡视一遍，然后听取柜上大查柜、二查柜和药房大头、二头工作汇报。除此之外，还吩咐“先生”带乐达仁去营口采购关东参茸虎骨，去祁州采购川广云贵药材，到江西樟树和河南禹州中药庙会批发药品，到各大商埠考察向同仁堂申请建立代销点的商号资质。在老祖母的精心安排下，乐达仁对中药企业的经营和管理有了更深入的了解，对如何发展同仁堂事业也形成了自己的一些设想。
1907年，操劳一生的老祖母因病去世，乐达仁十分悲痛。想起自爷爷过世以后，老祖母当家二十多年以来的艰辛劳顿，想起老祖母送他出洋游历，和把他留在身边加以栽培的良苦用心，乐达仁心如刀绞。更令乐达仁痛上加痛的是，老祖母尸骨未寒，大宅门里便纷争四起，家不像家了。老祖母去世以后，大宅门里有人独揽大权，内外一切事务均由他个人专断，遂引起族人的一致反对。于是，四大房商议了一个共同管理制度，来代替个人专断。然而新的管理制度很不完善，既不便操作，也没有罚则，实际上等于各自为政。正因为如此，有人便趁混乱之机，干出一些损大家肥小家的事情，各房群相效尤，于是纷乱就更日甚一日了。
就在这时候，乐达仁挺身而出，指斥见利忘义行为，呼吁各房谨遵祖训，严肃家规，同心同德，不咎既往，重新建立一个家族管理制度。乐达仁振臂一呼，得到了大房几位兄长的支持。大房的几位兄长，早已看不惯眼前这一切，而且他们从欧洲留学归来，很想见到同仁堂迈出改革之步。但是，有几位长辈和一些同辈昆季，则对乐达仁群起而攻。“老七，乐家的事，轮到你说话了吗？你眼中还有没有长辈？”“我说七哥，你也太能了吧，你以为你是谁？我们可不是达义、达德和达明，你想管我们？姥姥!”乐达仁气得半晌说不出话。一腔热血，却换来一片指责。一气之下，乐达仁离家出走了。
数年之后，乐达仁创办达仁堂，事业小有所成，而同仁堂江河日下，令他殊为担心。1920年4月22日他重返同仁堂，召集昆季子侄，对他们讲了如下一番话：
“自吾等祖母弃世以后，同仁堂在表面观之，似乎根深蒂固，不可动摇，究其内容，实因各房昆季心志涣散，故家事铺事纷乱已达极点。”
“达仁曾于数年前，不忍坐视，出任仔肩，勉为其难，竟以遭忌中止。因愤而出走四方，自谋生活。卒赖艰苦不拔之志，百折不回，迄今稍有成就，差比自立。回顾我公共之同仁堂，其纷乱较前为甚，自愧弗材，无术挽救。然及今同心努力，出而维持，尚未为晚。务望我昆季子侄同心同德，不咎既往，各自让步，重新立一完善规则，庶祖宗艰难缔造之事业，不至荡然无存也。”
